De Amerikaanse evangelische beweging in Oeganda wordt alom geprezen om het creëren van scholen en ziekenhuizen, maar de missionarissen prediken ook religieuze onverdraagzaamheid. De film volgt verschillende evangelische leiders in Amerika en Oeganda die de taak van het elimineren van de “seksuele zonde” op zich hebben genomen en die proberen de Oegandezen te bekeren tot het christelijk fundamentalisme. God Loves Uganda is een gruwelijk en shockerend exposé over een moderne uitwas van het Westerse kolonialisme.